Ο Αντώνης Πολυδώρου έχει σπουδάσει Θεολογία στο τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Έχει σπουδάσει Ιστορία στο τμήμα Ιστορίας Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Είναι κάτοχος του μεταπτυχιακού διπλώματος ειδίκευσης ιστορικού ερευνητή με γνώσεις Διδακτικής Μεθοδολογίας και Αξιοποίησης Νέων Τεχνολογιών, του τμήματος Ιστορίας του Ιονίου Πανεπιστημίου.